Los 4 tantos de Daniele De Rossi, Vincenzo Iaquinta, Antonio Di Natale y Fabio Quagliarella fueron insuficientes y quedó eliminada del Mundial como última clasificada del grupo. Un severo correctivo que dejaba a Italia como subcampeona europea, y que le permitiría clasificarse para la Copa Confederaciones de 2013 de Brasil, por segunda vez en su historia, camisetas del barcelona al acudir como subcampeona europea. 6 después de que Leonardo Bonucci errara el suyo.
Los Socceroos se pondrían arriba en el marcador por dos goles, aunque Irán sacó la casta y logró empatar el partido a 2-2, camisetas barça logrando clasificarse así a la Copa Mundial que se celebraría en Francia. En la temporada 2005/06 el Napoli jugó la Copa Italia y fue eliminado en los cuartos de final contra la Roma. Así, el Napoli debió quedarse otro año en C1.
El Hércules permaneció así en la cuarta categoría del fútbol español el año de su centenario. Es entonces cuando el 17 de mayo de 2014, el Hércules cae contra la AD Alcorcón en la jornada n.º 39 y con muy pocas oportunidades de conseguir la permanencia, alcanzando el descenso «virtual» del equipo a 2.ªB. En la jornada n.º41 consuma su descenso a 2.ª División B pese a ganar 0-1 al Mirandés, tras una segunda vuelta de campeonato nefasta, que deja al equipo en el último puesto de la tabla. En las temporadas 2005-06, 2006-07 y 2007-08 el Hércules de Alicante anduvo por la segunda división sin pena ni gloria, manteniéndose en puestos cómodos pero sin llegar a aspirar a un ascenso real a primera división. 7-0 en el Camp Nou tras una gran primera parte realizada por el conjunto alicantino. El primer año acabó con una promoción de ascenso frustrante tras lograr alcanzarla en la última jornada de Liga; atrás quedaba una competición que lideró a lo largo de buena parte de ésta. Después de cinco campañas con la publicidad de Qatar, este verano se estrena la multinacional japonesa Rakuten en la parte delantera de la camiseta.
Con la desaparición del Club Natación Alicante, el Hércules adoptó sus colores en 1928, equipacion barcelona 2022 y desde entonces siempre ha lucido camiseta blanquiazul y pantalón negro. Desde sus orígenes hasta 1928, el Hércules vistió camiseta a franjas verticales rojas y blancas, con pantalón y medias negras. En la temporada 2013-14 el Hércules empieza bien, llegando a estar en el 9.º puesto en la 3.ª jornada pero comienza a bajar puestos y en la 6.ª jornada ya está en los puestos de descenso y no saldrá de ahí hasta la 19.ª jornada donde queda en el 16.º puesto y merodea una vez más con el bordillo y los puestos de descenso. Unión Adarve a la siguiente ronda del play-off debido a su mejor puesto en la liga regular. La temporada 2021-2022 de Segunda RFEF culminó con el Hércules en quinto puesto de su grupo (Grupo V), clasificándose para el play-off de ascenso a Primera RFEF. En 1975 se introdujo por primera vez el amarillo (con una franja azulgrana diagonal) como color alternativa y, poco a poco, se fue esfumando el blanco. Sin embargo, el color de las medias ha ido cambiando en algunas épocas, siendo negras o azules, si bien, desde 1959 hasta la actualidad han sido azules con la salvedad de la temporada 2007/08 que fueron negras.
El equipo desempeña un buen estilo de juego que les permite firmar las posiciones altas de la clasificación, y en las últimas jornadas consigue meterse en los playoff de ascenso al finalizar en tercer lugar. Miroslav Djukic no pudo revertir la situación en las últimas jornadas y finalmente, fuera de todo pronóstico, el Hércules acabaría la temporada como 19.º, con un nuevo descenso a 2.ª División. Lo único positivo fue el triunfo de aquella plantilla juvenil que logró el campeonato de División de Honor y el consecuente salto hacia el primer equipo. Las constantes críticas hacia los alicantinistas, los enfados periódicos entre ambos cuerpos técnicos fueron habituales hasta el ascenso herculano. El equipo estuvo merodeando por los puestos mediocres de la tabla clasificatoria salvo esporádicas rachas como aquella de quince partidos sin perder diez de los cuales fueron empates, o, en algunos casos, con ultimátum hacia el técnico maragato. En la 2.ª jornada de liga, daba la sorpresa al ganar en el Camp Nou por cero goles a dos, los dos del paraguayo Nelson Valdez, resultado sorprendente dado que el FC Barcelona llevaba 16 meses sin perder en su estadio, concretamente desde el 23 de mayo de 2009, cuando perdió 0-1 frente al Osasuna, con un equipo totalmente plagado de suplentes.
Nelson Haedo Valdez, considerado como el jugador más caro del Hércules (temp. En la temporada 2010-11 se hacen fichajes de renombre como Royston Drenthe, David Trezeguet o Nelson Haedo Valdez entre otros. En verano de 2020 se oficializa la llegada de Carmelo del Pozo como director deportivo y David Cubillo como entrenador para conseguir el ascenso a Segunda División. La temporada 2020-21, condicionada por la pandemia de COVID-19, sería la última que se conocería como 2.ª División B, que precedería a las nuevas categorías de la RFEF y que sería sustituida por la Primera División RFEF como tercera categoría del fútbol español. El sistema de competición de esta temporada se dividió en tres fases, que repartirían a los equipos según sus resultados entre: Segunda División, Primera RFEF (3.ª categoría), Segunda RFEF (4.ª categoría) y Tercera RFEF (5.ª categoría). Comienza bien la temporada el equipo, llegando a ser líder en los primeros meses de la competición. Esta temporada se perdió en casa ante el Alicante por un contundente 0-3, demostrando que la historia no ayuda a ser mejor equipo.