En el verano de 2006, el club disputa su cuarta final de la Copa Intertoto, cayendo contra el NK Maribor esloveno por un global de 2-3, lo cual le excluyó para jugar competiciones europeas en la temporada 2006-07. En esa misma temporada, las lesiones de gravedad de algunos jugadores y la marcha a mitad de temporada de Juan Román Riquelme desembocaron en una discreta primera vuelta del equipo, pero -entre otros factores- la recuperación de Pirès y los 19 goles de Forlán (quinto máximo goleador de Liga) permitieron cumplir con el objetivo de disputar competición europea sin pasar por la Intertoto. De cara a la nueva temporada ficharon a jugadores como Serge Aurier, Aissa Mandi, Arnaut Danjuma, Boulaye Dia y Juan Foyth. Bajo el mando de Pellegrini y tras una gran segunda vuelta de campeonato, el Submarino Amarillo logra el tercer puesto de la liga en la temporada 2004-05, solo por detrás del F. C. Barcelona y del Real Madrid, y con Diego Forlán como Pichichi de la temporada y Juan Román Riquelme como el mejor jugador del equipo. Además, en la Liga de Campeones el Villarreal avanza hasta cuartos de final, donde su verdugo fue nuevamente el Arsenal FC inglés, mientras que en la Copa del Rey es eliminado prematuramente por el Polideportivo Ejido, rival de Segunda División B, tras sufrir una escandalosa goleada de 5-0 en la ida y un 1-1 en la vuelta en El Madrigal.
El club debió jugar la promoción de descenso ante el Sevilla FC, perdiendo por 0-2 en El Madrigal y 1-0 en Sevilla, despidiéndose así de la Primera División. En la temporada 1999-2000 el club acaba en la tercera posición de Segunda División, tras C. A. Osasuna y la U. D. Las Palmas, logrando así volver a la máxima categoría del fútbol español; ésta fue la primera temporada en la cual ascendieron directamente los tres mejores clasificados de Segunda en detrimento de los tres peores de Primera. El 13 de mayo de 2012, tras perder en los últimos instantes con el Atlético de Madrid por 0-1 con gol de Falcao en El Madrigal, el Villarreal desciende a la Segunda División, tras acabar en el 18° lugar en la temporada 2011-2012, después de 12 años consecutivos en la máxima competición. Otro hecho importante en la Liga 2006-07 fue que el Villarreal logró, tras 8 temporadas, derrotar al único grande de España que se le resistía: en la jornada 20, venció en El Madrigal por 1-0 al Real Madrid con el gol de Marcos García, tras asistencia del jugador chileno Matías Fernández. En la primera jornada de Liga, el Villarreal empata en el Benito Villamarín (1-1) ante el Real Betis, con un gol de Soldado.
Extremadura, ocupando finalmente el puesto 18º de la temporada 1998-99. Destacaron en este equipo el rumano Gica Craioveanu y el portero en Primera Andrés Palop. El Camp Nou aplaude al portero ahora cada vez que recibe el balón para mostrarle su apoyo. El nuevo técnico inicialmente iba a ser Manuel Preciado, pero el entrenador cántabro falleció el mismo día que iba a ser presentado, el 7 de junio de 2012. El club optó por la contratación de Julio Velázquez, y para volver a Primera el club cuenta con el regreso de Uche y los fichajes de Mellberg, Cavenaghi y «el rifle» Pandiani. En 1978 participó por primera vez en la Copa del Rey, aunque fue eliminado en la primera ronda por el Calvo Sotelo, actual Puertollano, que militaba por aquel entonces en 2.ª División. En 1967, regresa a Tercera División, proclamándose -tres años después- campeón de la misma, por lo que asciende a la Segunda División del fútbol español. Antes de comenzar la temporada 2007-08, se anuncia la partida de Diego Forlán al Atlético de Madrid y se incorporan dos importantes fichajes en el esquema del club: el delantero italiano Giuseppe Rossi y el portero español Diego López.
Tras la liga 2008-2009, se anuncia la partida de Manuel Pellegrini para dirigir al Real Madrid, dejando en concreto un subcampeonato de Liga y una histórica participación internacional, con una semifinal y dos cuartos de final de la mano del técnico chileno. Junto a Riquelme en estas temporadas se incorporan nombres históricos al club: el argentino Rodolfo Arruabarrena, los españoles José Manuel Reina y Santi Cazorla o el brasileño Marcos Senna (quien luego obtendría nacionalidad española). Cabe destacar el 3-3 en San Siro en el 2000 con un Hat-trick de Rivaldo en terreno italiano; el brasileño es el único jugador que ha marcado 3 goles en un mismo partido entre ambos equipos. Desde 2003 las aficiones de ambos equipos estrecharon lazos de amistad a través de internet, incluso existe una peña del Hércules CF llamada Iraklis. Es una vía obligatoria que ve a día de hoy para competir con las grandes fortunas que han ido comprando equipos rivales en Europa. Para la temporada 2011-12, el Villarreal supera la ronda previa de la UEFA Champions League, venciendo al Odense BK danés por un global de 3-1 y accediendo así a la fase final del torneo; pero en la fase de grupos queda encuadrado dentro del «Grupo de la Muerte» y acaba último, con 0 puntos, tras competir contra rivales tales como Manchester City, Nápoles y Bayern de Múnich.
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En la jornada 25 Claudio Barragán es destituido y es reemplazado por Josip Višnjić, quién debuta con una cómoda victoria por 0 goles a 3 ante el Deportivo Aragón. Esta temporada en la Primera División de España 2014-15 empezó bien para el conjunto castellonense que venció en la primera jornada por (0-2) al Levante UD en el Estadio Ciutat de Valencia, sin embargo, en la segunda jornada cayó derrotado ante el F. C. Barcelona por (0-1) con un gol del canterano Sandro Ramírez al que le llegó rechazado el balón tras un disparo de Lionel Messi. Los amarillos derrotaron al equipo oscense en El Madrigal (2-0) y pasaron a octavos de final, viéndose las caras con el Athletic Club y siendo eliminados tras perder en el Estadio de San Mamés (3-2) y en El Madrigal (0-1). Sin embargo, la campaña en Liga no pudo ir mejor y el Villarreal encadenó seis triunfos seguidos, ante Rayo Vallecano (2-1), Real Madrid (1-0), Real Sociedad (0-2), Valencia CF (1-0), Deportivo de La Coruña (1-2) y Sporting de Gijón (2-0), finalizando la primera vuelta en cuarta posición. El 13 de mayo de 2012, tras perder en los últimos instantes con el Atlético de Madrid por 0-1 con gol de Falcao en El Madrigal, el Villarreal desciende a la Segunda División, tras acabar en el 18° lugar en la temporada 2011-2012, después de 12 años consecutivos en la máxima competición.
En él se disputaron tres partidos del Campeonato Mundial de Fútbol España 1982, dos de ellos de la fase previa en la que actuaba la Selección de Argentina como local, y el partido por el tercer y cuarto puesto disputado por Francia y Polonia, resultando ganador el equipo polaco. Con él llegó un atisbo de reacción que llevó al Hércules, tras el 2-3 en el Camp Nou y el 1-0 frente al Real Valladolid, a colocarse fuera de puestos de descenso directo. En ese momento, Sainz lo vio y, haciendo un gesto evidente, decidió no estampar su firma en la prenda deportiva, haciendo gestos de que eso no iba con él. A partir de ese momento se unificó totalmente el léxico futbolístico adoptándose por los medios de comunicación y las instituciones del fútbol gran parte de la terminología que ha llegado hasta el siglo XXI. «Fútbol: Las primeras reglas». Por ello, 
En la temporada 2009-10, el equipo alicantino escribe una primera vuelta sensacional, alcanzando la primera posición de la tabla al final de la misma. Al final del partido, el árbitro compensa el tiempo total en minutos que se suspendió el juego en diferentes momentos. El equipo que más goles haya marcado al final del partido es el ganador; si ambos equipos no marcan, o marcan la misma cantidad de goles, entonces se declara un empate. Los equipos han llevado a cabo una de las pretemporadas más internacionales de los últimos años y han vuelto a recorrer el mundo tras la pandemia. El estadio se alquilaba por 60 pesetas al mes y el precio de las entradas se fijaba en media peseta para los hombres y un cuarto de peseta para los niños. De estas, 265 millones juegan al fútbol regularmente de manera profesional, semi-profesional o amateur, considerando tanto a hombres, mujeres, jóvenes y niños.
↑ «Trabajos de Fontanarrosa (sección fútbol)». ↑ «Classification and Sports Rule Manual (sección 6.6)». Cerebral Palsy International Sports & Recreation Association. International Football Association Board. ↑ Una excelente guía para recorrer el uso de la palabra «football» y su transformación en «futbol» se encuentra en «Football, la palabra mágica», el estudio de Jorge Gallego para el Centro para la Investigación de la Historia del Fútbol (C.I.H.F.) de Argentina. ↑ «Historia del juego del fútbol». ↑ «El enfoque de la FIFA sobre el dopaje en el fútbol». ↑ «Principales ingresos de los equipos de fútbol». ↑ Dentro de un mismo club pueden existir varios equipos, 
