Además de sus filiales, el Club Atlético de Madrid cuenta con más de setenta equipos de fútbol base, masculinos y femeninos, que completan sus categorías inferiores: cuatro equipos de categoría juvenil (dos en División de Honor y otros dos en Liga Nacional), once equipos cadetes (dos de ellos en Primera División Autonómica), catorce equipos de categoría infantil, catorce alevines, segunda equipacion barcelona veinte benjamines y diez prebenjamines. Existió un segundo equipo filial, el Club Atlético de Madrid C, fundado en 1972, que jugó en Tercera División.
