En la primera temporada se consiguió la clasificación directa para disputar la Europa League 2017-18, y en competencias europeas, una eliminación prematura en los play-off de Liga de Campeones ante el AS Mónaco (que sería la revelación del torneo), le valió al equipo castellonense participar en la Europa League, en donde caería eliminado por la AS Roma en dieciseisavos de final. Del mismo modo, los jugadores de todos los equipos del club azulgrana lucirán un brazalete negro en todos los partidos que se disputen durante el fin de semana. En España hay otro equipo, el Cádiz Club de Fútbol, que recibe el mismo sobrenombre, lo que produjo cierta polémica entre las aficiones de ambos equipos por ser el «verdadero Submarino». El club mantiene una rivalidad histórica con el Elche Club de Fútbol, con quien disputa el derbi provincial. Empezó la liga empatando a 4 contra Granada CF y tras una mala racha cosechó varias victorias consecutivas hasta la derrota contra la SD Eibar en el Estadio Municipal de Ipurúa tras terminar la primera vuelta de forma excelente con victorias fuera de casa contra la Real Sociedad y Sevilla FC se fichó a Paco Alcácer, fichaje más caro de la historia del club.
En Liga, los amarillos encadenaron tres partidos sin ganar, ante U. D. Las Palmas (0-1), Sevilla FC (4-2) y FC Barcelona (2-2), hasta que vencieron a la SD Eibar en Ipurúa (1-2). En cuartos de final, el sorteo fue generoso por fin con el Submarino Amarillo. En la Copa del Rey el Villarreal fue eliminado por el F. C. Barcelona en semifinales, mientras que en la liga el club mantuvo el sexto puesto que da al equipo el pasaporte para jugar la UEFA Europa League. Con la cuarta plaza en el bolsillo y la lejana eliminación en Copa, los amarillos ansiaban llegar a la final de la Europa League en Basilea, pero el Liverpool les despertó de su sueño. El Hércules permaneció así en la cuarta categoría del fútbol español el año de su centenario. El Hércules CF firma contrato con el entrenador argentino Gustavo Siviero, que será el responsable de entrenar al club en la campaña Segunda División B de España 2017-18. Sin embargo, tras cosechar malos resultados, es destituido al término de la jornada nueve y reemplazado por Claudio Barragán, con el objetivo de ascender a Segunda División.
Sin duda, una campaña sensacional. Tras tres victorias consecutivas, el equipo subió hasta la sexta posición y ya no abandonaría en toda la campaña las plazas de acceso a la Liga Europa. Este Hércules podría haber entrado en zona europea si no hubiese sido por la diferencia de goles respecto al 4.º clasificado, la Real Sociedad, que aunque había conseguido los mismos puntos y había anotado los mismos goles que los alicantinos, sólo recibió 32, frente a los 36 encajados por el Hércules y por lo tanto los donostiarras se aferraban a la cuarta plaza que daba el pase a Europa. La victoria certificó la cuarta posición de forma matemática, y por tanto, el club castellonense disputaría la fase previa de la Liga de Campeones de la UEFA/UEFA Champions League, con la posibilidad de alcanzar las cuatro participaciones en la máxima competición europea de clubes. Finalmente, el Villarreal CF finalizó la Liga BBVA 2015-2016 en la cuarta posición, con 64 puntos, mientras que alcanzó las semifinales de la UEFA Europa League y los octavos de Copa. En la jornada 17, la primera de 2015, el Villarreal empataría ante el Elche CF con un (2-2), en un encuentro que empezó ganando por 0-2 con los goles que habían conseguido Luciano Vietto y Uche.
A partir de este momento llegaría el mejor momento del conjunto de Villarreal, logrando cinco victorias consecutivas en liga, una de ellas en el Estadio Vicente Calderón frente al Atlético de Madrid con un gol de Luciano Vietto, además en este mes de diciembre cerraría su participación en la Europa League con una victoria por (0-2) ante el Apollon Limassol, pasando a los dieciseisavos de final como segundo de grupo por detrás del Borussia Mönchengladbach, enfrentándose en dicha ronda contra el Salzburgo. Con la presencia del Mundial, el calendario de LaLiga sufre un vuelco importante y la primera vuelta no se completará hasta mediados del mes de enero de 2023. Será en la jornada 17, cuando el Valladolid recibirá una vez más en su feudo al conjunto de la Franja, al que ha ganado en 3 de los últimos 4 duelos en los que se han visto las caras. En este mes de diciembre el Villarreal alcanza también los octavos de final de la Copa del Rey tras derrotar al Cádiz CF por un total de (5-1) en el global de la eliminatoria, con un (1-2) en Cádiz y un (3-0) en Villarreal.